Treći ciklus studija se organizuje nakon drugog ciklusa, vodi do akademskog  zvanja doktora ili ekvivalenta, traje tri godine i vrednuje se sa 180 ECTS bodova.Studentski program trećeg ciklusa sadrži obavezu izrade doktorske disertacije.

Uslovi upisa

Pravo upisa na treći (III) ciklus – doktorski studij pod jednakim uslovima imaju državljani Bosne i Hercegovine i strani državljani za koje je nakon postupka nostrifikacije, odnosno ekvivalencije diplome ranije završenog ciklusa/stepena studija, utvrđeno da imaju završeno adekvatno obrazovanje za nastavak studija. Pravo upisa imaju kandidati koji su stekli zvanje magistar/master bolonjskog ciklusa – 300 ECTS u užoj naučnoj oblasti za koju se prijavljuje.

Status doktoranata/kandidata 

Status doktoranata neznatno je podržan kroz redovne stipendije, a više kroz pojedine projekte i ponude vlada drugih zemalja, odnosno univerziteta u inostranstvu.

Nadzorni aranžmani 

Na sveučilištima i drugim visokim stručnim ustanovama imenuje se posebno tijelo koje planira, koordinira, organizira i istodobno prihvaća studijski i istraživački rad studenata. Postoje programska vijeća ili povjerenstva za akademski istraživački rad, doktorski studij i terenski koordinatori. Svaki student ima mentora, koji savjetuje studente u izboru predmeta i vodi njihov istraživački rad. Tema doktorske disertacije ocjenjuje povjerenstvo i ovjerava senat. Mentori mogu jednostavno biti profesori ili znanstveni radnici koji su dokazali svoje istraživačke kvalifikacije (uz odgovarajuću znanstvenu bibliografiju).

Zapošljivost 

Zapošljavanje doktoranata potiče i financijski mehanizam, tj. kroz šeme mladih istraživača kao i novom šemom za sufinanciranje doktorskog studija. Studentska istraživanja doprinose rješavanju poslovnih problema ili trenutnih društvenih izazova.

Procjena

Znanje se vrednuje usmenim ili pismenim ispitima i ispunjavanjem seminarskih radova. Numerička ljestvica ocjenjivanja je od 5 do 10 prema kojoj je 6 najniža pozitivna ocjena, a 10 najviša. Pojedinačne obaveze također se mogu procijeniti jednostavnim 'prolazom' ili 'promašajem' ili 'prolazom s razlikom'.

Certifikacije

Po završetku studijskog programa trećeg ciklusa, studentima se dodjeljuje diploma sa službenim znanstvenim nazivom Doktor znanosti. U diplomi se može navesti i akademsko polje iz kojeg proizilazi naziv, ali prethodno navedeno akademsko polje nije sastavni dio akademskog zvanja. Propisi o dodjeli diploma nakon završetka zajedničkih doktorskih studijskih programa isti su kao i za završetak zajedničkih studijskih programa prvog ili drugog ciklusa.

Organizacijske varijacija

Studije trećeg ciklusa mogu biti organizovane kako na univerzitetima/fakultetima tako i na stranim univerzitetima, kroz programe i projekte drugih zemalja.