Nadležna ministarstva, njih 13 i Odjeljenje za obrazovanje Brčko distrikta su upravljačka tijela sistema obrazovanja u BiH. U upravljanju sistemom na ovim nivoima (entitetskom i kantonalnom) učestvuju i druge institucije, a prije svega pedagoški zavodi, koji su u stvari uglavnom u sastavu ministarstava. Ministarstva i pedagoški zavodi nadziru provođenje obrazovnih programa ustanova na svim nivoima.
Ministarstvo također osigurava sredstva za plate nastavnog osoblja - što je najveći dio ukupnog budžeta za obrazovanje - za sve nivoe obrazovanja, osim za najniži nivo (predškolsko vaspitanje i obrazovanje) koji se osigurava djelimično iz sredstava lokalne samouprave, ali zbog uvođenja pohađanja obaveznog perioda u godini prije polaska u osnovnu školu i iz budžeta vlade.
Na nivou srednjoškolskog obrazovanja, institucije regionalne samouprave i obrazovne ustanove imaju zakonska ovlastenja i odgovornosti za učestvovanje u imenovanju direktora i zapošljavanju drugih zaposlenika ustanova.
Na nivou predškolskog i osnovnog vaspitanja i obrazovanja, institucije lokalne samouprave i obrazovne ustanove imaju zakonska ovlastenja i odgovornosti za učestvovanje u imenovanju direktora i zapošljavanju drugih zaposlenika ustanova.
Visokoskolske ustanove u svom radu imaju punu institucionalnu autonomiju.