Erahariduse osakaal on haridustasemeti erinev. 2017/18. õa-l on 628st koolieelsest lasteasutusest eralasteasutusi 57, 530st üldhariduskoolist erakoole 56, 38st kutseõpet pakkuvast õppeasutusest eraõppeasutusi 4 ja 20st kõrgkoolist erakõrgkoole 6. Need suhted on püsinud viimastel aastatel suhteliselt stabiilsena, peale eraülikoolide, mille arv on kahanenud 2001. a kümnelt praeguseks ühele.
Erakool tegutseb füüsilisest isikust ettevõtja või eraõigusliku juriidilise isiku asutusena ning sellele rakendub erakooliseadus. Ettevõtjal peab olema tegevusluba, mis annab annab õiguse õppetöö läbiviimiseks tegevusloal märgitud õppekava alusel, haridustaseme piires ja omavalitsusüksuse haldusterritooriumil.
Erakooli juhtorganid on nõukogu ja direktor (kõrgkoolil ja ülikoolil - nõukogu ja rektor). Nõukogusse kuuluvad direktor, õpetajate ja õpejõudude esindajad, kes moodustavad vähemalt 1/5 nõukogu koosseisust, erakooli omaniku esindajad ning võivad kuuluda ka lastevanemad, õpilased ja teised erakooli põhikirjas ettenähtud isikud. Koolieelsete lasteasutuste ja koolide nõukogudes on lastevanemate esindatus kohustuslik, nad peavad moodustama viiendiku nõukogu koosseisust. Gümnaasiumide, kutseõppeasutuste, kõrgkoolide ja ülikoolide nõukogudesse peavad viiendiku ulatuses kohustuslikult kuuluma ka õpilaste esindajad.
Direktor juhib erakooli ning järgib erakooli omaniku ja erakooli nõukogu seaduslikke korraldusi. Direktor kannab vastutust erakooli üldseisundi ja arengu ning rahaliste vahendite sihipärase ja otstarbeka kasutamise eest.
Koolieelse eralasteasutuse, erapõhikooli ja -gümnaasiumi, samuti erakutseõppeasutuse õppekavad peavad vastama nendele haridustasemetele kehtestatud riiklikele õppekavadele: alushariduse raamõppekavale, põhikooli riiklikule õppekavale, gümnaasiumi riiklikule õppekavale või kutse- või eriala riiklikule õppekavale ning kutseharidusstandardile. Erakõrgkoolide ja -ülikoolide õppekava peab vastama kõrgharidusstandardile.
Erakooli pidajal on erakooli kohta eraldi eelarve ning see on lahus tema teiste asutuste ja ettevõtete raamatupidamisest.
Eraõppeasutuse kulud katab erakooli pidaja ning kindlaks määratud juhtudel eraldab toetust kohalik omavalitsus või riik. Koolieelses lasteasutuses koolieelse lasteasutuse riikliku õppekava alusel töötavate õpetajate palgad ja õppevahendite soetamise kulud võib katta valla- või linnaeelarve vahenditest. Riigieelarvest toetatakse eraüldhariduskoolide õpetajate ja juhtide palga ja täienduskoolituskulude katmist, õpilaste õppekirjanduse, õpilaskodu kohtade ja koolilõuna kulude katmist. Riigieelarvest kaetakse ka erakutseõppeasutuste ja erakõrgkoolide õppekohtade kulud riiklikult tellitud õppekohtade ulatuses.
Erakoolides toimuva õppe eest tasumine toimub erakooli poolt kehtestatud alustel ja korras. Õppemaksu suuruse määrab erakooli omanik ning seda ei muudeta õppeaasta jooksul. Õppemaksu suurust võib tõsta kuni 10% kahe õppeaasta vahel, kui erakooli ja õpilase vaheline leping ei sätesta teisiti.
Riiklikku järelevalvet erakooli õppe- ja kasvatustegevuse üle teostatakse samadel alustel kui riigi- või munitsipaalõppeasutuse või avalik-õigusliku ülikooli puhul. Kui erakooli direktor või omanik ei nõustu riikliku järelevalveorgani tehtud ettekirjutusega, on tal õigus vaidlustada nimetatud ettekirjutus Haridusministeeriumis ühe kuu jooksul.