Budžetom Ministarstva prosvjete, nauke, kulture i sporta koji je dio Budžeta Crne Gore, a koji Skupština Crne Gore donosi na godišnjem nivou, određuje se iznos sredstava za sektor obrazovanja.

Počev od fiskalne 2005. godine Ministarstvo primjenjuje programski budžet koji se sastoji od 10 programa.

U skladu sa Opštim zakonom o obrazovanju i vaspitanju obrazovanje i vaspitanje se finansira iz:

• javnih prihoda (budžeta Crne Gore i opštine)
• sredstava osnivača
• školarine u privatnim ustanovama
• naknade koju plaćaju roditelji
• prihoda od imovine (zakupa)
• sredstava od prodaje usluga i proizvoda
• donacija, sponzorstva i legata
• drugih izvora.

Javnoj ustanovi zabranjeno je finansiranje iz sredstava političkih stranaka.

Ustanova koja se finansira iz javnih prihoda ne može zahtijevati od učenika, odnosno polaznika participaciju za pokriće troškova obrazovanja (nastavne i vannastavne aktivnosti).U višem stručnom obrazovanju za troškove praktičnog obrazovanja može se odrediti participacija u iznosu do 20% cijene koštanja obrazovanja učenika za taj obrazovni program u javnoj ustanovi.

Javnoj ustanovi, iz mreže ustanova, obezbjeđuju se sredstva iz budžeta Crne Gore za:

1. bruto plate i ostala lična primanja zaposlenih
2. tekuće investiciono održavanje
3. investicije u ustanovama
4. materijalne troškove i rashode za energiju
5. permanentno usavršavanje nastavnika
6. dopunsko osnovno obrazovanje građana Crne Gore na privremenom radu u inostranstvu;
7. osnovno obrazovanje odraslih lica
8. eksternu provjeru znanja učenika propisanu zakonom (provjera znanja učenika na kraju trećeg ciklusa, maturski i drugi ispiti)
9. stipendije za talentovane učenike
10. stipendije za deficitarne kvalifikacije
11. takmičenje učenika
12. eksperimentalnu nastavu
13. smještaj i ishranu učenika u domu, odnosno u zavodu
14. subvenciranje udžbenika sa malim tiražom i udžbenika za obrazovanje nacionalnih, odnosno etničkih grupa
15. troškove ishrane djece u predškolskoj ustanovi čiji roditelji su korisnici materijalnog obezbjeđenja porodice u skladu sa posebnim propisima
16. troškove boravka i ishrane, odnosno boravka djeteta samohranog roditelja u predškolskoj ustanovi u visini od 50% visine troškova boravka i ishrane u skladu sa posebnim propisom
17.  troškove ljekarskog, odnosno sanitarno-higijenskog pregleda nastavnika, odnosno zaposlenih u skladu sa ovim zakonom i posebnim propisom;
18. osposobljavanje i usavršavanje direktora i za rad stručnih savjeta
19. razvojni, savjetodavni i istraživački rad u obrazovanju i vaspitanju
20. razvoj informacionog sistema
21. subvenciranje rješavanja stambenih potreba zaposlenih u ustanovi
22. druge obaveze utvrđene zakonom
23. participaciju prevoza učenika.

Pored ovih izdvajanja, posebna sredstava Vlada izdvaja za obrazovni sistem kroz Kapitalni budžet, u okviru kojeg se značajan iznos sredstava izdvaja za unapređivanje školske infrastrukture.

Predškolske ustanove, osnovne škole, gimnazije i stručne škole kao i  ustanove za obrazovanja djece s posebnim obrazovnim potrebama - resursni centri, ustanove za obrazovanje odraslih, domovi učenika, odnosno domovi učenika i studenata i u obrazovni centri, stiči sredstva iz budžeta Crne Gore za jednu školsku godinu na osnovu ekonomske cijene koštanja obrazovanja učenika za određeni obrazovni program, broja učenika, odnosno djece, koeficijenta programske grupe u koju je obrazovni program razvrstan i drugih kriterijuma karakterističnih za obrazovni program, ustanovu i određeno područje. Pravilnikom o normativima i standardima za sticanje sredstava iz javnih prihoda koje realizuju javno važeće obrazovne programe propisani su standardi i mjerila za formiranje odjeljenja i grupa, organizovanje savjetodavne službe, biblioteke, administrativno-računovodstvene i tehničke službe i vrednovanje materijalnih troškova.

Za finansiranje potreba tekućeg investicionog održavanja, investicija u ustanovama i materijalnih troškova i rashoda za energiju u javnim ustanovama iz mreže ustanova čiji je osnivač opština, sredstva se obezbjeđuju u budžetu opštine.

Sredstva za finansiranje javnih ustanova koje nijesu u mreži ustanova, a osnivač je opština obezbjeđuju se u budžetu opštine.

Ustanova može sticati sredstva iz budžeta opštine, za:

1. materijalne troškove (održavanje higijene, deratizaciju i dezinfekciju, telefonske i poštanske usluge, internet)
2. investicije u ustanovama čiji je osnivač opština
3. osiguranje objekata ustanove
4. obavezni zdravstveni i sanitarni pregled nastavnika i djece, odnosno učenika
5. prevoz učenika osnovne škole
6. protivpožarnu zaštitu
7. porez i druge dažbine koje propisuje lokalna samouprava
8. korišćenje komunalnih usluga i komunalije
9. naknadu za zemljarinu i firmarinu.

Visina plata zaposlenih u obrazovanju uređena je Granskim kolektivnim ugovorom za oblast prosvjete. Ovim Ugovorom uređuju se pojedina prava i obaveze zaposlenih u javnim ustanovama u oblasti predškolskog vaspitanja i obrazovanja, osnovnog obrazovanja i vaspitanja, srednjeg opšteg obrazovanja (gimnazija), stručnog obrazovanja i vaspitanja i obrazovanja djece s posebnim potrebama i prava i obaveze poslodavaca prema zaposlenima, kao i međusobna prava i obaveze ugovornih strana.

Finansiranje visokog obrazovanja u Crnoj Gori regulisano je Zakonom o visokom obrazovanju.

U skladu sa Zakonom ustanova može da se finansira iz:          

• sredstava osnivača
• školarina i drugih naknada koje plaćaju studenti
• intelektualnih i drugih usluga
• donacija, poklona i zavještanja
• prihoda od imovine (zakup)
• projekata i ugovora sa međunarodnim, državnim ili privatnim subjektima u svrhu promovisanja nastave, istraživanja i konsultantskih aktivnosti i
• drugih izvora u skladu sa zakonom.

Međusobna prava i obaveze između javne ustanove i Vlade za realizaciju studijskih programa I i II ciklusa studija uređuju se ugovorom o finansiranju. Ugovor se zaključuje najmanje za jednu fiskalnu godinu. Ugovor sadrži ciljeve, aktivnosti i mjere za ostvarenje ciljeva, indikatore za praćenje sprovođenja ugovora, dinamiku dostavljanja izvještaja o realizaciji ugovora i druga pitanja od značaja za finansiranje. Sadržaj ugovora utvrđuje Ministarstva prosvjete, nauke, kulture i sporta i objavljuje na svojoj veb stranici.

Zarade zaposlenih na Univerzitetu Crne Gore, javna ustanova visokog obrazovanja, regulisane su Kolektivnim ugovorom za Univerzitet koji zaključuju Sindikat Univerziteta, rektor Univerziteta i Vlada Crne Gore.