Het Ministerie van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap beheert bijna alle rijksuitgaven voor onderwijs. Het Ministerie Economische Zaken bekostigt het landbouwonderwijs. De openbare en bijzondere onderwijsinstellingen zijn in Artikel 23 van de Grondwet financieel gelijkgesteld. Dit houdt in dat uitgaven die de overheid doet voor het openbaar onderwijs ook gedaan worden voor het bijzonder onderwijs.
De relatie tussen de onderwijsinstellingen en de overheid wordt gekenmerkt door een grote autonomie van de instellingen; de overheid schept slechts de voorwaarden. Iedere school komt vrijwel automatisch voor bekostiging in aanmerking, indien aan de bij wet gestelde deugdelijkheideisen en bekostigingsvoorwaarden, die voor het schoolsysteem als geheel gelden, wordt voldaan. Onderwijsinstellingen krijgen van de overheid elk jaar een budget voor materiële en personele kosten, ook wel de lumpsum genoemd. De scholen mogen zelf bepalen op welke manier ze dit besteden.
Op 1 augustus 2012 is de prestatiebox in werking getreden voor het primair en voortgezet onderwijs en het middelbaar beroepsonderwijs (mbo). Bovenop de lumpsum krijgen scholen een bedrag dat ze kunnen inzetten voor onder meer taal en rekenen, wetenschap en techniek, talentontwikkeling, en voor de professionalisering van leerkrachten en schoolleiders. Het doel is de prestaties van leerlingen, leerkrachten en schoolleiders te verhogen.
Naast de rechtstreekse lumpsumbekostiging van instellingen door het Ministerie van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap vloeien er ook langs andere wegen uitgaven van het ministerie naar de onderwijsinstellingen. De belangrijkste stromen zijn die via de gemeenten: onder andere voor educatie en huisvestingsvoorzieningen voor het primair en voortgezet onderwijs. Verder komt er geld binnen via de onderwijsdeelnemers zelf, namelijk de wettelijk vastgelegde les-, cursus- en collegegelden die aan de instellingen betaald worden (bijvoorbeeld in het hoger onderwijs). Voor het primair en voortgezet onderwijs hoeft daarentegen geen lesgeld betaal te worden.
Naast hiervoor genoemde geldstromen kan een onderwijsinstelling ook andere inkomsten genereren, bijvoorbeeld uit vrijwillige ouderbijdragen (in tijd of geld) of van gemeenten voor deelname aan projecten, rente uit eigen middelen, contractactiviteiten, sponsoring, bijdragen van bedrijven of maatschappelijke organisaties (geld, goederen, inzet of expertise).