Súčasťou školského systém sú aj neštátne školy (súkromné a cirkevné). Zriaďovateľmi súkromných škôl sú fyzické alebo právnické osoby. Zriaďovateľom cirkevnej školy môže byť štátom uznaná cirkev alebo náboženská spoločnosť.

Cieľom cirkevnej a súkromnej školy a školského zariadenia je popri kvalitnom vzdelávaní a výchove

• poskytovať alternatívny obsah výchovy a vzdelávania,
• uplatňovať nové metódy a formy vo vzdelávaní a výchove, ale aj
• naplniť právo rodičov na výber školy a školského zariadenia pre svoje deti podľa presvedčenia.

Vznik cirkevných a súkromných škôl a školských zariadení po roku 1990 vytvoril tiež potrebný priestor  pre konkurenčné prostredie v rámci celej sústavy škôl a školských zariadení. 

Predprimárne, primárne a sekundárne vzdelávanie 

Vzdelanie  získané  v súkromných a cirkevných  školách,  ktoré  ministerstvo  zaraďuje  do  siete  škôl a školských zariadení Slovenskej republiky je rovnocenné vzdelaniu získanému vo verejných školách a môže sa poskytovať za úhradu.

Neštátne školy na Slovensku sú povinné: 

• dodržiavať platnú  školskú legislatívu a 
• štátom stanovené vzdelávacie programy (kurikulum).

Neštátne školy sú spolufinancované štátom − dostávajú rovnaké finančné prostriedky zo štátneho rozpočtu, ako štátne školy (normatívne financovanie na žiaka – viac v kapitole Financovanie predškolského a školského vzdelávania). 

Všetky   neštátne  školy zaradené do  siete  škôl  a školských  zariadení Slovenskej  republiky, podliehajú  pravidelnému  hodnoteniu  a kontrole  zo  strany  Štátnej školskej inšpekcie (viac v kapitole Zabezpečovanie kvality v predškolskom a školskom vzdelávaní).

V roku 1994 vznikla Asociácia pracovníkov súkromných škôl ako prirodzené vyústenie predchádzajúcich neformálnych stretávaní sa riaditeľov a zriaďovateľov súkromných škôl.

Hlavnými cieľmi Asociácie je

• podporovať vznik a rozvoj súkromných škôl a školských zariadení,
• prezentovať a presadzovať názory Asociácie voči riadiacim orgánom v oblasti školského systému a iným inštitúciám ako aj širokej verejnosti,
• propagovať existenciu súkromných škôl a rozvíjať zahraničné styky s podobnými organizáciami. 

Osobitosti o organizácii a riadení rímskokatolíckych škôl a školských zariadení zriadených Katolíckou cirkvou určuje Zmluva č. 394/2004 Z.z. medzi Slovenskou republikou a Svätou stolicou o katolíckej výchove a vzdelávaní. Postavenie, organizáciu a činnosť ostatných cirkevných škôl zriadených inými registrovanými cirkvami a náboženskými spoločnosťami podobne určuje Dohoda č. 395/2004 Z.z. medzi Slovenskou republikou a registrovanými cirkvami a náboženskými spoločnosťami o náboženskej výchove a vzdelávaní. 

Na súkromnom gymnáziu je možné získať medzinárodnú maturitu - International baccalaureate. Program International Baccalaureate je ukončený maturitnými písomnými skúškami. Maturitné skúšky IB študentov sú externe zadávané a externe vyhodnocované skúšobným centrom v Cardiffe (Veľká Británia) a sú preto uznávané i na zahraničných vysokých školách. Takáto maturitná skúška sa považuje podľa školského zákona za rovnocennú s maturitnou skúškou v národnom programe. IB diplom je akceptovaný zahraničnými vysokými školami. 

Vysokoškolské vzdelávanie 

Zákon o vysokých školách ustanovuje, že súkromná vysoká škola dostáva oprávnenie na pôsobenie formou štátneho súhlasu, ktorý jej udeľuje vláda. V roku 2001 tak ako prvá vznikla Vysoká škola manažmentu v Trenčíne.

V súčasnosti na Slovensku pôsobí 13 súkromných vysokoškolských inštitúcií. Zoznam súkromných vysokých škôl je dostupný na stránke Inštitúcie: Súkromné vysoké školy.

Zahraničné vysoké školy pôsobiace na Slovensku: 

• Bankovní institut vysoká škola, a. s. (sídlo v Českej republike) 
• Vysoká škola hotelová v Praze 8, spol. s r. o. (sídlo v Českej republike) 
• Vysoká škola mezinárodních a veřejných vztahů Praha, o. p. s. (sídlo v Českej republike) 
• Univerzita Palackého v Olomouci (sídlo v Českej republike) 

Čo sa týka implementácie vzdelávania v súkromných univerzitách nie sú rozdiely medzi verejným a súkromným vysokoškolským sektorom. 

Legislatíva 

Národná rada Slovenskej republiky, 2002. Zákon č. 131/2002 Z.z. o vysokých školách a zmene a doplnení niektorých zákonov (sprístupnené 07/01/2020).

Národná rada Slovenskej republiky, 2008. Zákon č. 245/2008 Z.z. o výchove a vzdelávaní (školský zákon) a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov (sprístupnené 03/01/2020).