Millî Eğitim Bakanlığı, merkez teşkilatının haricinde taşra ve yurtdışı teşkilatından oluşmaktadır. Bakanlık, yurtdışı teşkilatı kurmaya yetkilidir. Millî Eğitim Bakanlığı yurtdışı teşkilatı, eğitim müşavirlikleri ve eğitim ataşeliklerinden oluşmaktadır. Teşkilat, 34 ülkede 31 eğitim müşavirliği ve 25 eğitim ataşeliği olmak üzere toplam 56 temsilciliği ile hizmet vermektedir. Bu kapsamda faaliyet gösteren eğitim kurumlarında merkez hizmet birimleri tarafından oluşturulan eğitim programları kullanılmaktadır. Millî Eğitim Bakanlığı taşra teşkilatı ise il millî eğitim müdürlükleri, İlçe millî eğitim müdürlükleri, okul ve kurum müdürlüklerinden oluşmaktadır. Türkiye Cumhuriyeti Devletinin idari yapılanması içerisinde bulunan 81 ilde ve 922 ilçede bir Millî eğitim müdürlüğü bulunmaktadır. İl ve ilçe Millî eğitim müdürlükleri faaliyetlerini Bakanlığın/Valiliğin gözetim ve denetimi altında yerine getirirler. İlçe millî eğitim müdürlükleri, görev ve hizmetleri yürütürken il millî eğitim müdürlüklerine karşı da sorumludur. Taşra teşkilatının yapılanmasında eğitim kurumlarının açılması, kapanmasına dair işlemler Valiliklerce de yapılır, sonucundan Bakanlığa bilgi verilir.
Eğitim ve öğretim sisteminin yerel ve kurumsal düzeyde denetimi, eylemsel olarak 1 numaralı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesiyle Millî Eğitim Bakanlığı Teftiş Kurulu Başkanlığına görev olarak verilmiştir. Teftiş Kurulu Başkanlığı, Başkan ile Başkanlık birimlerinde ve çalışma merkezlerinde görevli Bakanlık Maarif Müfettişleri ve Bakanlık Maarif Müfettiş Yardımcılarından oluşur.
Teftiş Kurulu Başkanlığının başlıca görevleri; Bakanlığın görev alanına giren konularda Bakanlık personeline, Bakanlık okul ve kurumlarına, özel öğretim kurumlarına ve gerçek ve tüzel kişilere rehberlik etmek; Bakanlığın görev alanına giren konularda faaliyet gösteren kamu kurum ve kuruluşları, gerçek ve tüzel kişiler ile gönüllü kuruluşlara, faaliyetlerinde yol gösterecek plan ve programlar oluşturmak ve rehberlik etmek; Bakanlık teşkilatı ile Bakanlığın denetimi altındaki her türlü kuruluşun faaliyet ve işlemlerine ilişkin olarak, usûlsüzlükleri önleyici, eğitici ve rehberlik yaklaşımını ön plana çıkaran bir anlayışla, Bakanlığın görev ve yetkileri çerçevesinde denetim, inceleme ve soruşturma yapma olarak belirlenmiştir.
Yerel Düzeyde Valiler, 5442 sayılı İl İdaresi Kanunu’nun hükümleri doğrultusunda İl Millî Eğitim Müdürlüğünün iş ve işlemlerini gözetim ve denetimine yetkilidirler.