Yükseköğretime bağlı eğitim ve araştırma kurumlarında görev yapan yönetim personelinin çalışma esasları, 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu’na göre üniversite organları, rektör, senato, yönetim kurulu olarak belirlenmiştir (Maddeler: 13-15). 

Devlet ve vakıf üniversitelerine rektör, Cumhurbaşkanınca atanır. Vakıflarca kurulan üniversitelerde rektör ataması, mütevelli heyetinin teklifi üzerine yapılır.

Devlet üniversitelerinde rektör, Yükseköğretim Kurulu tarafından önerilecek, profesör olarak en az üç yıl görev yapmış üç aday arasından Cumhurbaşkanınca atanır. Bir aylık sürede önerilenlerden birisinin atanmaması ve Yükseköğretim Kurulu tarafından, iki hafta içinde yeni adaylar gösterilmemesi halinde Cumhurbaşkanınca doğrudan atama yapılır. Rektörün görev süresi 4 yıldır. Süresi sona erenler aynı yöntemle yeniden atanabilirler. Ancak aynı Devlet üniversitesinde iki dönemden fazla rektörlük yapılamaz. Rektör, üniversite veya yüksek teknoloji enstitüsü tüzel kişiliğini temsil eder. Vakıflarca kurulan üniversitelerde rektör, mütevelli heyetinin Yükseköğretim Kuruluna teklifi ve Yükseköğretim Kurulunun olumlu görüşü üzerine Cumhurbaşkanı tarafından atanır.

Üniversite Senatosu, rektörün başkanlığında, rektör yardımcıları, dekanlar ve her fakülteden fakülte kurullarınca üç yıl için seçilecek birer öğretim üyesi ile enstitü ve yüksekokul müdürlerinden oluşur (Yükseköğretim Kanunu; Madde 14). Senato, üniversitenin akademik organıdır ve temel olarak üniversitenin eğitim-öğretim, bilimsel araştırma ve yayım faaliyetlerinin esasları hakkında kararlar alır. Üniversite Yönetim Kurulu ise rektörün başkanlığında dekanlardan, üniversiteye bağlı değişik öğretim birim ve alanlarını temsil edecek şekilde Senato tarafından dört yıl için seçilecek üç profesörden oluşur. Yönetim Kurulu, Üniversitenin idari faaliyetlerinde rektöre yardımcı bir organ olup temel olarak faaliyet plan ve programlarının hazırlanmasını ve uygulanmasını sağlamada rektöre yardım etmek, üniversitedeki diğer birimlerin önerilerini dikkate alarak yatırım programını, bütçe tasarısı taslağını inceleyerek kendi önerileriyle birlikte rektörlüğe sunar (Yükseköğretim Kanunu; Madde 15). Üniversitelerde üç temel birim olarak fakülteler, enstitüler ve yüksekokullar bulunur. Fakülteler bir dekan tarafından yönetilir. Dekan, rektörün önereceği, üniversite içinden veya dışından üç profesör arasından, Yükseköğretim Kurulu tarafından üç yıl süre ile seçilir ve atanır. (Madde 15). Fakülte bünyesinde akademik bir organ olan ve daha çok fakültenin eğitim-öğretim, bilimsel araştırma ve yayım faaliyetleriyle görevli ve dekanın başkanlığında bir fakülte kurulu ile bu kurulun üç yıl için seçeceği üç profesör, iki doçent ve bir yardımcı doçentten oluşan ve fakültenin idari işleyişinde dekana yardımcı olan fakülte yönetim kurulu bulunur (Madde 17, 18). Enstitü ve yüksekokulların da fakültelerdeki yapı ve işleyişe benzer yönetim organları vardır ve bu organlarda (kurullar ve yönetim kurulları) hem öğretim üyeleri hem de öğrenciler temsil edilmektedir. (Madde 19-20). Üniversitelerde, yetkiler büyük ölçüde rektörlerde toplanmış olmasına karşın, öğretim üyelerinin katılımcı süreçlerinden (Senato, Fakülte kurulu, fakülte yönetim kurulu gibi) söz edilebilir. 

Yükseköğretim yöneticilerinin (rektör, müdür, dekan, vb) maaş, çalışma zamanları, yıllık izinleri, emeklilik koşulları gibi konuları öğretim elemanlarıyla aynı yasal düzenlemeye tabiidir. Ancak, yönetim görevinden dolayı ek ödeme alırlar ve disiplin soruşturmaları özel düzenlemeye tabiidir (Yükseköğretim Kurumları Yönetici, Öğretim Elemanı ve Memurları Disiplin Yönetmeliği).