Med študijske programe druge stopnje spadajo tudi enoviti magistrski študijski programi. Oblikujejo se, če izobražujejo za poklice, urejene z direktivami EU ali z nacionalnimi predpisi. Če z direktivami EU ni določeno drugače, trajajo pet let in obsegajo 300 kreditnih točk. Po Uredbi o uvedbi in uporabi klasifikacijskega sistema izobraževanja in usposabljanja se razvrščajo v raven 7.

Enoviti magistrski študijski programi omogočajo študentom pridobitev in poglabljanje strokovnega znanja in usposobljenosti, kot je predvideno za univerzitetne študijske programe prve stopnje skupaj z znanjem, predvidenim za programe druge stopnje.

Za zdaj so bili oblikovani za medicino, dentalno medicino, veterinarstvo, farmacijo, arhitekturo, teologijo in pedagoško matematiko. Prvi trije od naštetih so šestletni in obsegajo 360 kreditnih točk, drugi štirje so petletni in obsegajo 300 kreditnih točk. Splošni pogoji za vpis v te programe so taki, kot so predpisani za vpis v univerzitetne študijske programe prve stopnje. Enaka so tudi merila za izbiro kandidatov ob omejitvi vpisa in postopek prijave.

Diplomanti medicine, dentalne medicine, veterinarstva in farmacije si pridobijo te strokovne naslove: doktor oziroma doktorica medicine, doktor oziroma doktorica dentalne medicine, doktor oziroma doktorica veterinarske medicine, magister oziroma magistra farmacije. Diplomantom drugih enovitih magistrskih programov se strokovni naslovi podeljujejo po splošnih pravilih.