Skatindama dvišalį bendradarbiavimą su kaimyninėmis ir tolesnėmis Vakarų bei Centrinės Europos, Azijos ir kitų žemynų valstybėmis, Švietimo ir mokslo ministerija nuo 1992 m. rengė ir dalyvavo rengiant pasirašyti valstybines kultūrinio bendradarbiavimo sutartis.
Pasirašytos sutartys ar susitarimai dėl bendradarbiavimo:
- švietimo, mokslo, studijų ir kultūros srityse su Bulgarija (įsigaliojo 1997 m.);
- kultūros, švietimo ir mokslo srityse su Ispanija (1997), Graikija (1998), Izraeliu (1998), Jungtine Karalyste (1998), Suomija (1999), Vengrija (1999), Lenkija (2000), Šventuoju Sostu (2000), Slovėnija (2002);
- kultūros, švietimo, studijų, mokslo ir technologijų srityse su Italija (1998);
- mokslo ir technologijų srityje su JAV (1994);
- mokslo ir technologijų srityje su Kinija (1992);
- kultūrinio su Kinija (1993), Venesuela (1993), Rumunija (1997), Kolumbija (2001);
- švietimo, kultūros, meno ir sporto srityse su Turkija (1999), Meksika (2003);
- išsimokslinimo, mokslo ir kultūros srityse su Ukraina (1993);
- kultūros ir meno srityje su Uzbekistanu (1995);
- švietimo, mokslo ir technologijų srityse su Uzbekistanu (1995);
- kultūros, švietimo, mokslo, technologijų ir technikos srityse su Prancūzijos Respublika (2003).
Pasirašyti susitarimai ar sutartys dėl pasikeitimo stažuotojais su Čekija (2000), Švedija (1994); dėl jaunimo bendradarbiavimo ir mainų – su Lenkija (1997); kultūrinio pasikeitimo ir bendradarbiavimo – su Venesuela (1993); dėl stažuotojų įdarbinimo, siekiant gilinti jų specialybės ir kalbos žinias, – su Vokietija (1993).
Su Šiaurės šalimis (Danija, Švedija, Norvegija, Suomija ir Islandija) bendradarbiaujama ir dvišalių susitarimų pagrindu, ir vykdant daugiašales programas. Kartu su Švedija Lietuva atsakinga už Baltijos regiono Švietimo darbotvarkės-21 įgyvendinimą šiame regione.
Švietimo ir mokslo ministerija plėtoja tarptautinį dvišalį ir daugiašalį bendradarbiavimą, užtikrina veiksmingą dalyvavimą tarptautinių organizacijų švietimo programose ir projektuose. Vykdomos specialistų stažuotės, vizitai, mainai.
Švietimo ir mokslo ministerija su Švedijos specialiojo ugdymo plėtros institutu vykdo projektą „Aprūpinimo specialiosiomis mokymo priemonėmis sistemos kūrimas“. 2002 m. suderinti 5 bendradarbiavimo susitarimai (su Meksika, Prancūzija, Flandrija, Belgijos Valonijos regionu, Baltarusija, Ukraina), 2003 m. – su Serbija ir Juodkalnija. Įgyvendintos dvišalio bendradarbiavimo programose numatytos priemonės. Įvyko Lietuvos bei Baltarusijos švietimo ir mokslo ministerijų bendros konsultacinės komisijos posėdis, Lietuvos ir Lenkijos dvišalis vadovėlių komisijos posėdis.
2004 m. Vyriausybės nutarimu sudaryti Lietuvos Vyriausybės ir Italijos Vyriausybės bendradarbiavimo kultūros, švietimo, studijų, mokslo ir technologijų srityse bendras komitetas.
2004 m. patvirtinta švietimo ir kultūros sričių bendradrabiavimo programa 2004–2008 m. su Ispanija.
2005 m. pasirašyta Lietuvos Vyriausybės ir Lenkijos Vyriausybės sutartis dėl dokumentų, suteikiančių teisę į aukštąjį mokslą, dalinių studijų, aukštojo mokslo kvalifikacijų bei mokslo ir meno laipsnių tarpusavio pripažinimo.
Pasirašyta 2005–2009 m. bendradarbiavimo programa pagal Lietuvos Respublikos švietimo ir mokslo ministerijos ir Baltarusijos Respublikos švietimo ministerijos susitarimą dėl bendradarbiavimo švietimo srityse.
Pasirašyta Lietuvos Švietimo ir mokslo ministerijos bei Vengrijos Švietimo ministerijos 2006–2008 m. bendradarbiavimo programa švietimo, aukštojo mokslo ir mokslinių tyrimų srityje.
2005 m. organizuotas tarptautinių sutarčių ir susitarimų įgyvendinimas mokslinių tyrimų srityje: paremtas dvišalis Lietuvos ir Ukrainos bendradarbiavimas mokslinių tyrimų ir technologijų plėtros srityje; finansuotas Lietuvos ir Prancūzijos integruotos veiklos programos mokslinių tyrimų ir eksperimentinės veiklos srityse „Žiliberas“ 2 etapas 2005–2006 m.; skirta lėšų Lietuvos Vyriausybės ir Europos branduolinių mokslinių tyrimų organizacijos (CERN) tolesniam bendradarbiavimui plėtoti (didelių energijų fizikos srityje).
2006 m., konsultuojantis su Mančesterio universiteto Lyderystės centro ekspertais, buvo rengiamas nacionalinis projektas „Lyderių laikas“.
2008 m. pasirašyta dvišalė tarptautinė sutartis su Slovakija dėl bendradarbiavimo švietimo srityje programos. Bendradarbiaujama su Korėja pagal DUO-Korėja paprogramę, remiančią mokslo ir studijų institucijų studentų ir dėstytojų, mokslininkų mainus 2008–2009 m. laikotarpiu.
2009 m. pasirašyta atnaujinta Lietuvos Vyriausybės ir Flandrijos Vyriausybės bendradarbiavimo 2009–2012 m. programa, įgyvendinant Lietuvos Vyriausybės ir Flandrijos Vyriausybės bendradarbiavimo sutartį. Programos įgyvendinimas suteikia pagrindą remti abipusius šalių studentų ir tyrėjų mainus, skatina mokslo ir studijų institucijų glaudesnį bendradarbiavimą.
2009 m. pasirašytas Lietuvos Vyriausybės ir Vokietijos Federacinės Respublikos Vyriausybės susitarimas dėl aukštojo mokslo kvalifikacijų ir mokslo laipsnių lygiavertiškumo pripažinimo.
2009 m. pasirašytas Lietuvos Vyriausybės ir Ukrainos ministrų kabineto susitarimas dėl kvalifikacijų, suteikiančių teisę į aukštąjį mokslą, aukštojo mokslo kvalifikacijų ir mokslo laipsnių abipusio pripažinimo.