A magyar felsőoktatási intézményhálózat az ország területéhez, lakosságszámához és a felsőoktatási hallgatói létszámhoz viszonyítva egyaránt igen kiterjedt, de az adatok tükrében közepes méretű.
Az intézmények típusait két fő dimenzióban lehet csoportosítani.
Egyfelől egyértelműen elkülönül az állami felsőoktatási intézmények köre és a nem-állami fenntartók által működtetett intézmények köre. Ez utóbbiba az egyházak, gazdasági társaságok, alapítványok által fenntartott felsőoktatási intézmények tartoznak, illetve ide tartoznak 2019-től az országgyűlés által e célra létrehozott vagyonkezelő alapítványok is, amelyek átveszik egy-egy felsőoktatási intézmény fenntartói feladatait az államtól. A hatályos felsőoktatási törvény lehetővé teszi a nem-állami fenntartók számára felsőoktatási intézmények létrehozását és működtetését, ám meg kell felelniük azoknak a bemeneti minőségi feltételeknek, mint amelyek az állami felsőoktatási intézményekre vonatkoznak. Mindezt az intézményalapítás szabályozott folyamatában akkreditációs eljárás keretében ellenőrzik. A feltételeknek megfelelő intézmények végül az országgyűléstől kapott állami elismeréssel jöhetnek létre. A magyar felsőoktatási intézményeket – a fenti csoportosításban – a hatályos felsőoktatási törvény 1. melléklete sorolja fel. A felsorolt intézményeken túl más szervezetek nem jogosultak Magyarországon felsőoktatási tevékenységek végzésére, felsőoktatási fokozat kiadására. A felsőoktatási törvény és kapcsolódó rendeletei külön rendelkezésekben szabályozzák a nem-állami fenntartású felsőoktatási intézmények létesítésére és működésére vonatkozó sajátos szabályokat. Állami támogatásra az állami fenntartású intézmények egyenlő feltételek mellett, a nem-állami fenntartású intézmények a Kormánnyal kötött megállapodás alapján válnak jogosulttá. Az állami támogatás azonban az állami intézmények esetében sem fedezi teljes mértékben a működési költségeket. A római katolikus egyház által fenntartott intézmények állami támogatását a Magyarország és a Vatikán között megkötött konkordátum határozza meg, míg más történelmi egyházakkal (református, evangélikus, izraelita) a magyar állam a katolikus egyházéhoz hasonló jellegű szerződést kötött intézményeik finanszírozásának biztosítására.
A felsőoktatási törvény értelmében a felsőfokú intézmények akadémiai (oktatási és kutatási) profiljuk alapján főiskolák, alkalmazott tudományok egyetemei vagy egyetemek lehetnek. A különbségtételt elsősorban az oktatási kapacitások határozzák meg. Egyetem az a felsőoktatási intézmény, amelyik legalább nyolc alapképzési és hat mesterképzési szakon jogosult képzésre, valamint doktori képzésre és doktori fokozat odaítélésére; munkaviszony, illetve közalkalmazotti jogviszony keretében foglalkoztatott oktatóinak, kutatóinak legalább hatvan százaléka tudományos fokozattal rendelkezik; tudományos diákköröket működtet; és az általa indított szakok egy részén képzéseit képes idegen nyelven folytatni. Az egyetem valamennyi képzési ciklusban folytathat képzést. Alkalmazott tudományok egyeteme az a felsőoktatási intézmény, amelyik legalább négy alapképzési és két mesterképzési szakon jogosult képzésre, legalább két szakon duális képzést folytat - ha a működési engedélye kiterjed a műszaki, informatika, agrár, természettudomány vagy gazdaságtudományok képzési területre, szakra; munkaviszony, illetve közalkalmazotti jogviszony keretében foglalkoztatott oktatóinak, kutatóinak legalább negyvenöt százaléka tudományos fokozattal rendelkezik; tudományos diákköröket működtet; és az általa indított szakok egy részén képzéseit képes idegen nyelven folytatni. Az alkalmazott tudományok egyetemeivé a közelmúltban alakultak át a korábbi nagyobb létszámú, tagoltabb szervezettel rendelkező főiskolák. A főiskola az a felsőoktatási intézmény, amelyik munkaviszony, illetve közalkalmazotti jogviszony keretében foglalkoztatott oktatóinak, kutatóinak legalább harmada tudományos fokozattal rendelkezik. A főiskola tudományos diákköröket működtethet. Nincs erre vonatkozó törvényi megkülönböztetés, de az alkalmazott tudományok egyetemeire és a főiskolákra – történeti okokból kifolyólag – jellemzőbb a gyakorlat-orientált képzés, az első ciklusú és rövid idejű programok túlsúlya, és az alkalmazott kutatások dominanciája, míg az egyetemek inkább elmélet-orientált képzéseket folytatnak, jelentősebb számú programjuk van a mester ciklusban és alapkutatási tevékenységük is erőteljes. Az állami egyetemek inkább többkarú, nagyméretű intézmények, míg a főiskolák – egy-két kivételtől eltekintve – kisebb méretű intézmények. A magánintézmények általában kisebbek (kevesebb kar és hallgató) és körükben inkább különböző vallási felekezetekhez és egyházakhoz tartozó teológiai főiskolákat találunk. Az Oktatási Hivatal nyilvántartása szerint jelenleg 13 állami egyetem (az alkalmazott tudományok egyetemei 4) és 15 nem állami egyetem, 6 nem-állami alkalmazott tudományok egyeteme, továbbá 1 állami főiskola és 24 nem állami főiskola (amelyek közül 19 egyházi fenntartású) működik.
Magyarországon működhetnek külföldi felsőoktatási intézmények is. Külföldi felsőoktatási intézmény Magyarország területén akkor folytathat oklevelet adó képzési tevékenységet, ha a származási ország kormánya és a magyar kormány között kétoldalú megállapodás jött létre, képzést működtet saját származási országában, továbbá a származási ország szerinti államilag elismert felsőoktatási intézményként történő működését engedélyező külföldi döntést az Oktatási Hivatal elismerte és működését engedélyezte. Az Oktatási Hivatal a külföldi döntést elismeri, ha az adott állam felsőoktatási rendszerének elvei összhangban vannak az Európai Felsőoktatási Térség felsőoktatási alapelveivel. Jelenleg 17 külföldi, származási ország szerint amerikai, német, osztrák, francia, holland, brit, román, kínai, maláj és thaiföldi egyetem, illetve főiskola szerepel az Oktatási Hivatal nyilvántartásában.