A bolognai ciklusos képzésre történő átállás során néhány képzési program megmaradt a korábbi duális szerkezetben kialakult programstruktúrában, amelyben egymástól intézményileg is elkülönülten 3-4 éves főiskolai és 5-6 éves egyetemi programok működtek csekély átjárási lehetőséggel. A hagyományos struktúrában való megmaradás oka, illetve célja területenként eltérő, de jellemzően a szabályozott szakmákra való felkészítő programok esetében fordul elő, és összefügg a szakma gyakorlásának külső szakmai szervezetek által megszabott feltételeivel, továbbá a képzés szakmai hagyományaival. Néhány program pár évnyi ciklusos szerkezetben történő működés tapasztalata nyomán visszaalakult osztatlan, hosszú mesterképzéssé.
Ezekre a képzésekre történő felvételi eljárás és követelmények tekintetében nincs a ciklusos rendszerben zajló programokhoz képest sajátos eltérés vagy kivétel, a jelentkezők nemcsak ugyanabban a mechanizmusban jutnak el a felvételig, de módjukban áll ugyanabban a folyamatban a hagyományos és a ciklusos szerkezetben zajló programokra egyidőben is jelentkezni. A felvételi pontszámítás, a többletpontok számítása és más részletszabályok is egyezőek.
A további tanulás tekintetében sincsenek akadályok, a korábbi, duális rendszerben megszerzett hagyományos főiskolai végzettségek alap (bachelor) fokozatnak minősülnek a felsőoktatási törvény értelmében, és lehetőség van az ott végzőknek mester programokra - illetve minden olyan programra, amely a jelentkezés feltételéül alap (bachelor) fokozatot ír elő – továbblépni. A hagyományos egyetemi programok pedig mester fokozatot adnak, és lehetőség van az azt megszerzőknek doktori képzésbe jelentkezni, illetve minden olyan programba jelentkezni, amely a belépés feltételéül mester fokozatot ír elő.
A korábbi, duális szerkezetű főiskolai pedagógusképzésnek az óvodapedagógus, tanító, konduktor és gyógypedagógus programjai a ciklusos képzésre történő átállást közvetlenül megelőzően estek át egy jelentősebb fejlesztési perióduson, és három, illetve négy éves, 180–240 kredites képzéseikkel valójában jól beleillettek az első bolognai ciklus formai keretei közé. Így – bár ténylegesen a ciklusos képzési szerkezet bevezetésekor már nem mentek át érdemi változtatásokon – formálisan az első ciklusba tartozónak tekintik ezeket.
A hagyományos, öt, illetve hatéves egységes, osztatlan egyetemi rendszerű képzési programokra, a hallgatók az első ciklusba tartozó programokra való felvételi eljárás folyamatában és követelményei szerint nyernek felvételt, ám megszakítatlan 10, illetve 12 féléves tanulmányokat követően mester fokozatot szereznek. Tipikusan ilyen programok az orvostudományi képzési területen az általános orvosi (12 félév, 360 kredit), fogorvos (10 félév 300 kredit), gyógyszerész (10 félév 300 kredit) programok, az agrár területen az állatorvosi program (11 félév, 300 + 30 kredit), utóbb ilyenné alakult vissza az az agrármérnöki és az erdőmérnöki program (10 félév 300 kredit), a műszaki területen az építészmérnöki program (10 félév 300 kredit) a jogi képzési területen a jogászképzés (10 félév 300 kredit), a gazdasági területen a gazdasági és pénzügyi matematikai elemzés (10 félév 300 kredit), néhány művészeti képzés (pl. filmdramaturg, színházi dramaturg, színházrendező, filmművész, festőművész, szobrászművész, grafikusművész, restaurátorművész, intermédia-művész, építőművész [ennek van ciklusos változata is], (10 félév 300 kredit), a tanárképzés (felső tagozatra és középiskolára 10–12 félév, 300–360 kredit) és különböző felekezetek teológiai képzése (10 félév 300 kredit, illetve lelkipásztor szakirányon 12 félév 360 kredit). Ezekben a programokban nagyobb, nappali tagozaton közel kétszer akkora számban vesznek részt hallgatók, mint a második ciklusba tartozó mester programokban együttesen.
Egyes programoknak a hagyományos osztatlan változata mellett létrejött és működik osztott, a ciklusos szerkezetbe illesztett változata is, attól függően, hogy az adott szakterületek, szakmák, illetve felsőoktatási intézmények milyen megegyezésekre tudtak jutni.