Magyarország Alaptörvénye (amely az alkotmány funkcióját tölti be) biztosítja a tudományos kutatás és művészeti alkotás szabadságát, továbbá — a lehető legmagasabb szintű tudás megszerzése érdekében — a tanulás, valamint törvényben meghatározott keretek között a tanítás szabadságát. A felsőoktatási intézmények a kutatás és a tanítás tartalmát, módszereit illetően önállóak, szervezeti rendjüket és gazdálkodásukat törvény szabályozza.
Magyarországon a jelenleg hatályos felsőoktatási törvény országgyűlési előterjesztéséhez fűzött indoklás szerint a nemzeti felsőoktatás célja a nemzet szellemi és gazdasági fejlődésének biztosítása a versenyképes tudás átadásával és a közjót szolgálva, valamint átlátható, versenyképes elméleti és gyakorlati oktatás nyújtása, tudományos alap- és alkalmazott kutatás végzése, illetve az innováció, továbbá az oktatói-kutatói utánpótlás nevelése. A magyarországi felsőoktatási intézmények hozzájárulnak azon felsőoktatási tevékenységek megőrzéséhez, színvonalának emeléséhez, amelyek az egész Kárpát-medencei magyar nyelvű felsőoktatást, a Magyarországhoz, a magyar nyelvhez és kultúrához kapcsolódó oktatást érintik világszerte.
A felsőoktatási intézmények önállóak, önállóságuk elsődlegesen az oktatási, tudományos és kutatási tevékenységekre terjed ki. Az intézmény belső szervezetét, működését és gazdálkodását a fenntartó a törvényes keretek között – állami fenntartó esetén az államháztartásról szóló, illetve a vagyongazdálkodási törvénnyel összhangban – alakíthatja.
A törvény (2011. évi CCIV. törvény a nemzeti felsőoktatásról) szerint a felsőoktatási intézmények alaptevékenysége az oktatás, a tudományos kutatás, a művészeti alkotótevékenység. A felsőoktatás oktatási alaptevékenysége magában foglalja a felsőoktatási szakképzést, az alapképzést, a mesterképzést, a doktori képzést és a szakirányú továbbképzést. A felsőoktatás oktatási alapfeladatait kizárólag felsőoktatási intézmények látják el. A felsőoktatási intézmények feladata a tantervi követelményeket meghaladó teljesítmény nyújtására képes, kiemelkedő képességű és hozzáállású, valamint a hátrányos, illetve a halmozottan hátrányos helyzetű hallgatók felkutatása, felismerése, és szakmai, tudományos, művészeti és sporttevékenységük elősegítése.
A magyar felsőoktatási intézmény egyetem, alkalmazott tudományok egyeteme vagy főiskola lehet. Egyetem az a felsőoktatási intézmény, amelyik legalább nyolc alapképzési és hat mesterképzési szakon jogosult képzésre, valamint doktori képzésre és doktori fokozat odaítélésére; munkaviszony, illetve közalkalmazotti jogviszony keretében foglalkoztatott oktatóinak, kutatóinak legalább hatvan százaléka tudományos fokozattal rendelkezik; tudományos diákköröket működtet; és az általa indított szakok egy részén képzéseit képes idegen nyelven tartani. Az egyetem valamennyi képzési ciklusban folytathat képzést.
Alkalmazott tudományok egyeteme az a felsőoktatási intézmény, amelyik legalább négy alapképzési és két mesterképzési szakon jogosult képzésre, legalább két szakon duális képzést folytat - ha a működési engedélye kiterjed a műszaki, informatika, agrár-, természettudományi vagy gazdaságtudományok képzési területre, szakra; munkaviszony, illetve közalkalmazotti jogviszony keretében foglalkoztatott oktatóinak, kutatóinak legalább negyvenöt százaléka tudományos fokozattal rendelkezik; tudományos diákköröket működtet; és az általa indított szakok egy részén képzéseit képes idegen nyelven folytatni.
A főiskola az a felsőoktatási intézmény, amelyik munkaviszony, illetve közalkalmazotti jogviszony keretében foglalkoztatott oktatóinak, kutatóinak legalább harmada tudományos fokozattal rendelkezik. A főiskola tudományos diákköröket működtethet.
Az egyetem, az alkalmazott tudományok egyeteme és a főiskola felsőfokú végzettségi szintet nem biztosító képzést (felsőoktatási szakképzés, szakirányú továbbképzés) is folytathat.
Magyar felsőoktatási intézményt önállóan vagy más jogosulttal együttesen a magyar állam, országos nemzetiségi önkormányzat, egyházi jogi személy, Magyarország területén székhellyel rendelkező gazdasági társaság és Magyarországon nyilvántartásba vett alapítvány, közalapítvány vagy vallási egyesület, továbbá – a törvény által meghatározott esetekben a rendszeres nemzetközi támogatással működtetett magán felsőoktatási intézmény alapítói, fenntartói jogait gyakorló – fenntartó testület alapíthat. Aki az alapítói jogot gyakorolja, ellátja a felsőoktatási intézmény fenntartásával kapcsolatos feladatokat. A felsőoktatási intézmény az országgyűlés hatáskörébe tartozó állami elismeréssel jön létre. Az államilag elismert intézmények felsorolása megtalálható a felsőoktatási törvény 1. mellékletében. A felsőoktatási intézmények képviseletére, érdekeinek védelmére a Magyar Rektori Konferencia a törvény által feljogosított testület.
A felsőoktatás ágazati irányításában kulcsszerepet játszik a kormány és a felsőoktatásért felelős miniszter, amely szervezési, fejlesztési, törvényességi ellenőrzési feladatokat lát el, továbbá – az állami felsőoktatási intézmények vonatkozásában – fenntartói jogokat gyakorol. A fenntartói irányítás nem sértheti a felsőoktatási intézmény – a képzés és kutatás tudományos tárgyával és tartalmával kapcsolatos kérdések tekintetében biztosított – önállóságát.
A kormány központi államigazgatási szervként Oktatási Hivatalt hozott létre, amely felsőoktatási regisztrációs központként közigazgatási hatósági eljárás keretében jár el a felsőoktatási intézmények nyilvántartásba vételével, tevékenységének megkezdésével és módosításával kapcsolatosan, hatósági ellenőrzést végez, közhiteles nyilvántartást vezet az intézményekről. Ellátja továbbá a felsőoktatási információs rendszerrel (amely a felsőoktatási intézmények által kezelt adatokra épülő központi nyilvántartási rendszer) kapcsolatos feladatokat.
Állami hatáskörök ellátásában közreműködő testületként a Magyar Felsőoktatási Akkreditációs Bizottság szakértőként közreműködik a felsőoktatási intézményekkel kapcsolatos eljárásokban mint a felsőoktatásban folyó képzés, tudományos kutatás, művészeti alkotótevékenység minőségének és a felsőoktatási intézmény belső minőségbiztosítási rendszere működésének külső értékelésére létrehozott, független országos szakértői testület. Az Országos Doktori Tanács a felsőoktatási intézmények doktori tanácsai elnökeiből álló testület, amely állást foglal a doktori képzéssel, fokozatadással kapcsolatos kérdésekben.
A Felsőoktatási Tervezési Testület a gazdaság, a munka világa és a felsőoktatás kapcsolódását segíti elő. A Duális Képzési Tanács a duális képzésekkel összefüggő szakmai és minősítési, értékelési feladatokat lát el. Az Országos Tudományos Diákköri Tanács feladata a felsőoktatási intézményekben folyó hallgatói tudományos és művészeti tevékenység és a diákköri mozgalom országos képviselete, összehangolása, valamint az országos jellegű tudományos és művészeti diákfórumok szervezése. A hallgatók országos képviseletét a Hallgatói Önkormányzatok Országos Konferenciája, a doktori képzésben részt vevő hallgatók országos képviseletét a Doktoranduszok Országos Szövetsége látja el.
A magyar felsőoktatásban az 1999-ben aláírt Bolognai nyilatkozat alapján 2006. szeptember 1-jétől, felmenő rendszerben, három fő cikluson alapuló képzési szerkezet jött létre az Európai Felsőoktatási Térség Képesítési Keretrendszerében meghatározott ciklusokhoz és az egész életen át tartó tanulás Európai Képesítési Keretrendszerének (EKKR) felső három szintjéhez illeszkedően. A középfokú végzettséget követően – osztott képzésben – az első három-négy éves, alapfokozatot (BA/BSc) adó képzési ciklust (EKKR 6. szint) a legfeljebb kétéves második, mesterfokozatot (MA/MSc) adó képzési ciklus (EKKR 7. szint) követi. A harmadik képzési ciklus a tudományos fokozatot (PhD/DLA) adó doktori képzés (EKKR 8. szint). Doktori képzésben egyetemi szintű végzettséggel, illetve mesterfokozattal lehet részt venni. A ciklusokra osztott képzés mellett néhány területen mesterfokozathoz vezetően osztatlan maradt a képzés.
Az alapfokozat vagy mesterfokozat megszerzését követően újabb végzettségi szintet nem eredményező, de szakirányú szakképzettséget nyújtó posztgraduális szakirányú továbbképzések működnek.
A felsőoktatási szakképzés egy a felsőoktatási intézmények által folytatható kétéves szakképzés, amely az érettségi vizsgára épül, és felsőfokú szakképzettséget igazoló bizonyítvánnyal zárul (az EKKR 5. szinten). A képzés során szerzett kreditek egy részét az azonos képzési területhez tartozó alapképzésbe jogszabály alapján be kell számítani.
A felsőoktatást egy ágazati törvény szabályozza, amelyhez végrehajtási kormányrendeletek kapcsolódnak. Ezek tartalmazzák a felsőoktatás működésére vonatkozó fontosabb előírásokat és szabályokat. Ezekhez számos további, részszabályokat megállapító kormányrendelet és miniszteri rendelet kapcsolódik. Ezeken kívül számos más, az államháztartás és alrendszerei működését szabályozó törvény és jogszabály is kiterjed a felsőoktatási intézmények működésére, attól függően, hogy milyen státusúak, illetve működésükhöz felhasználnak-e közpénzeket vagy sem.
Az akadémiai év strukturálását a felsőoktatási törvény nem írja elő kötelezően, csak definíciót ad rá, amely szerint az akadémiai év (azaz a tanév) 10 hónapból álló oktatásszervezési időszak, amely szorgalmi időszakra és a hozzá tartozó vizsgaidőszakra tagolódik. Emellett a törvény még a félévet definiálja, amely öt hónapból álló oktatásszervezési időszak. A felsőoktatási intézményeknek tehát szabadságukban áll saját belátásuk szerint strukturálni az akadémiai évet. Ugyanakkor a törvény minden idő alapú rendelkezését félévekben adja meg: a képzési idő hosszát, a hallgatók állami támogatásának idejét és az igénybevétel, jogosultság szabályait stb. Ebből kifolyólag szinte lehetetlen a félévek (szemeszterek) vagy negyedévek (quadrimeszterek) mellett más strukturálást (pl. trimeszter, változó időtartamú blokkok, modulok stb.) kialakítani, mert az értelmezési, jogalkalmazási és elszámolási problémákat vetne fel. Emiatt az általános intézményi gyakorlat a félévekre/szemeszterekbe strukturált akadémiai év, amelyben egy szemeszter általában 14-15 hét szorgalmi időszakból és 4-6 hét vizsgaidőszakra tagolódik. Az őszi félév rendszerint szeptember elején kezdődik és január végéig tart, a tavaszi félév pedig rendszerint február elejétől június végéig tart. A törvény előírja továbbá, hogy - a teljes idejű képzésben - a félév legalább kétszáz tanórából áll, továbbá hogy a nappali képzés munkarendje szerinti képzést heti öt napból álló tanítási hét keretében, a munkanapokon kell megszervezni.